Als Trompeter und Komponist zählt Markus Stockhausen international zu den vielseitigsten Musikern unserer Zeit und ist bekannt als musikalischer Grenzgänger. Von 1975 bis 2001 arbeitete er intensiv zusammen mit seinem Vater, dem Komponisten Karlheinz Stockhausen, der zahlreiche Werke für ihn schrieb. Als Solist stand er u.a. in dessen großen musikdramatischen Werken aus »LICHT« auf den Bühnen der Mailänder Scala, der Londener Oper Covent Garden und vielen Bühnen weltweit.

Mit eigenen Musikprojekten wie der MARKUS STOCKHAUSEN GROUP, INSIDE OUT mit Florian Weber, MOVING SOUNDS mit Tara Bouman, WILD LIFE u.a. konzertiert Markus Stockhausen international. Als Komponist realisierte er Auftragswerke u.a. für die 12 Cellisten der Berliner Philharmoniker, die London Sinfonietta, das Metropole Orkest, die Hamburger Symphoniker, das WDR Funkhausorchester. 2005 wurde er mit dem WDR-Jazzpreis als bester Improvisator ausgezeichnet, 2017 mit der „Silbernen Stimmgabel“ des Landesmusikrates NRW sowie dem JTI Jazz Award, 2018 erhielt er den renommierten Echo Jazz Preis. Mehr als 90 CDs veröffentlichte er in über 40 Jahren musikalischen Schaffens bei ECM, EMI classics, Enja, Sony/OKeh und anderen namhaften Labels.

Markus Stockhausen gibt viele Seminare zum Thema »Intuitive Music and More« und »Singen und Stille - Wenn die Seele singt«, mit Singen als wunderbarem Weg zur Quelle in uns. Sein Interesse gilt der »Transformation durch Klang«. Vor kurzem veröffentlichte er sein ersten Buch mit eigenen Texten, Gedichten, Aphorismen unter dem Titel „Im inneren Garten“.

Markus Stockhausen hat sich mit mehreren Petitionen und der Gründung des bvmde.org für ein Leben mit weniger Mobilfunkstrahlung eingesetzt.